在中國，發(fā)展農產品電子商務充滿了困難和阻力，電子商務所需的網絡設施、安全保障手段比起其他國家還具有相當大的差距。電子商務涉及計算機信息系統(tǒng)管理、金融結算、有關法律法規(guī)的制定等，是一項復雜的系統(tǒng)工程，需要進行跨部門、跨地區(qū)的強有力的組織和協調。
中國農產品電子商務發(fā)展遇到的幾大瓶頸問題：
(一)培養(yǎng)電子商務人才
要加強電子商務相關知識的宣傳與培訓，提高電子商務在農戶中的可信度。通過舉辦形式多樣、生動活潑、圖文并茂的電子商務科技宣傳和培訓，傳播電子商務的應用方法和注意事項，擴大農村居民對電子商務的了解和認識；鼓勵質量可靠，信譽良好的農產品生產企業(yè)首先在農村開展電子商務；充分利用政府有關部門服務職能，建立便于農村居民接受的電子商務形式，使電子商務在農村中有一個良好的開端和發(fā)展。
(二)加快信息基礎設施的建設
應當把農業(yè)信息網絡基礎設施作為農村基礎設施的有機組成部分，主要由各級政府來共同投資建設，由政府來提供農業(yè)信息這種公共產品。各級政府關鍵是要抓住以下5個環(huán)節(jié)：
一是應針對當前農業(yè)和農村經濟發(fā)展中信息不暢、產銷脫節(jié)這一突出問題，面向基層和農民的實際需求，以提供農業(yè)信息服務作為近期農業(yè)信息化的中心任務；二是充分利用現有的信息基礎設施資源，節(jié)約投資，突破資金不足的瓶頸制約，從根本上緩解農業(yè)信息化設施供給不足的矛盾；三是免費為農民提供信息服務，從根本上解決廣大農民對農業(yè)信息服務的巨大需求與實際需求嚴重不足之間的矛盾；四是采取各級政府分級投資的方法，以新的投資機制和運作方式調動地方政府參與農業(yè)信息化建設的積極性和主動性；五是將農業(yè)信息網絡工程與“政府上網”工程同步建設，實現“兩網合一”是一條切實可行的途徑。
(三)強化政府部門對農產品電子商務的參與
農產品從生產到消費，缺乏標準化的問題嚴重阻礙了農產品電子商務的實施，這就需要政府部門在國家政策的指導下，從農業(yè)和農村經濟發(fā)展的總體上制定規(guī)劃，從政策、法律高度上扶持農業(yè)和農產品電子商務的發(fā)展。在具體操作上，政府可以運用宏觀調控、稅收等手段鼓勵企業(yè)更多運用電子商務：通過降低上網費用，刺激消費者網上消費；通過以資金或優(yōu)惠政策支持研發(fā)活動，提高電子商務技術水平。此外，政府中的一些相關部門必須作為貿易的一個環(huán)節(jié)參與到農產品貿易中來，管理和監(jiān)督農產品電子商務的實施及電子交易中違規(guī)行為，達到保護農民、保護消費者的目的。在電子商務政策法規(guī)的制定與執(zhí)行、網上交易用戶的身份認證等方面，政府也要擔當積極的角色，以保證和促進農產品電子商務的安全順利實施。
(四)實現農產品名稱的標準化和質量的等級化
實現農產品名稱的標準化。中國農產品由于長期管理上的分割，也留下了認識上的誤區(qū)。致使許多糧食、水果、蔬菜、畜產品等都沒有一個統(tǒng)一標準的名稱。發(fā)展農產品電子商務首先要通過網絡準確傳遞產品信息，為此首先需要政府有關部門統(tǒng)一制定農產品的名稱標準。
實現農產品質量的等級化。農產品的質量分級是根據農產品的質量標準將不同質量的農產品進行分級歸類。它是農產品期貨市場、農產品電子商務運行的基礎。而中國由于缺少農產品的質量分級標準，同樣的價格其質量相差懸殊。在某地的一類農產品報價，在別的地方就無法知道它的質量如何。而通過統(tǒng)一的農產品質量的分級標準，就可以表述它的外觀和內在品質。
(五)發(fā)揮農村合作經濟組織和農村經紀人在農產品電子商務中的作用
首先，由農村合作經濟組織和經紀人負責網絡信息的采集和發(fā)布。目前中國農村是家庭分散經營，以家庭為單位在互聯網上發(fā)布信息受到很多條件的制約。因此可以通過農村合作經濟組織和經紀人在互聯網上進行信息搜尋，開展電子商務。農村合作經濟組織和經紀人可以拓展農產品的市場空間，發(fā)展訂單農業(yè)，大力開展定制化服務，把分散的農戶集中起來。然后，由農村合作經濟組織和經紀人集中收購農產品進行質量等級確定和分類包裝，這樣可以大大降低成本和提高效率，同時可以保證質量。
(六)大力發(fā)展農產品物流
建立農產品綠色通道。發(fā)展農產品電子商務配送是關鍵。為了保證農產品的質量目前中國已發(fā)布了《全國高效率鮮活農產品流通“綠色通道”建設實施方案》，實施方案中首次明確規(guī)定了“鮮活農產品”的5大種類，即新鮮蔬菜、新鮮水果、鮮活水產品、活的畜禽和新鮮的肉、蛋、奶。運輸上述物品的車輛在“綠色通道”網絡行使時可減免道路通行費。
提高農產品的包裝技術。中國目前由于“保鮮型”果蔬包裝相對滯后，致使許多優(yōu)質水果、蔬菜在貯藏與運輸過程中損失慘重。要減少損失，取得理想的經濟效益，必須研究推廣保鮮包裝技術。同時包裝材料不宜太貴，否則農民承受不起；包裝技術不宜太繁、不然不易掌握。
應積極在農民中培育物流主體。所謂物流主體就是物流企業(yè)，這一主體的主要形態(tài)包括：供銷合作社、農業(yè)公司、農產品配送中心、農產品物流經紀人隊伍。一個物流企業(yè)是否盈利取決于這個企業(yè)是否有物流人才。目前工業(yè)品物流公司發(fā)展迅速，但農產品物流公司發(fā)展極為緩慢，這里有一個認識問題，也有一個利潤空間相對較小的問題。所以，政府必須有一定的鼓勵政策。
(七)促進從事傳統(tǒng)農產品貿易的企業(yè)向電子商務轉型
對于直接或間接從事農產品生產和貿易的傳統(tǒng)企業(yè)，要加強企業(yè)內部信息化建設，使用互聯網技術建立企業(yè)內部網，即Intranet。在此基礎上，建立通向國際互聯網的外部網絡，即Extranet。企業(yè)的內部網絡和外部網絡的連接可以通過設置防火墻來保證安全?；A設施建設完成后，企業(yè)實現主要業(yè)務逐步向電子商務過渡，最終實現向電子商務型企業(yè)轉型。當然，完全實現電子商務化必然有一個過程，這類的企業(yè)首先可以在互聯網上先建立自己的網頁，并逐步建設成為站點，利用互聯網這一公眾媒介，在企業(yè)自身的網站上開展產品宣傳，推銷自己的產品。
(八)發(fā)展促進農產品貿易中介機構
農業(yè)電子商務的中介模式可以分為兩個層次：上層是電子商務服務公司，以市、區(qū)為單位建立，其作用是建立及維護網站、組織相關的農機、農貿部門及其他有關部門上網、為農戶提供技術、貿易需求信息與物資及其他電子商務服務，如信息發(fā)布、產品促銷等；下層則可建立在鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級的部門，充當上層電子商務服務公司的基層代理機構，其主要作用是把直接來自農民的信息上傳到電子商務服務公司，把來自電子商務服務公司的信息轉達給農民，同時充當結算中心與配送中心。這一新型中介可以從農村現有組織發(fā)展過來，并不需要完全新建。
(九)促進農業(yè)產業(yè)化經營
農業(yè)產業(yè)化把分散的農戶集中起來，將農戶小規(guī)模的生產聯結起來形成生產基地，作為農業(yè)產業(yè)化經營的第一車間，把加工、銷售作為第二、第三車間，建立了生產、加工、銷售的一體化經營模式，這樣就延長了農業(yè)的產業(yè)鏈，增強了農產品加工成品的比重，改變了農業(yè)僅是提供原料和初級產品的狀況，增強了農產品加工產值和利潤提高了農業(yè)的比較收益。一般來說，初級農產品具有易腐爛、不便儲存和運輸、生產有季節(jié)性等特點，因此未經加工的農產品銷售半徑小，出售價格往往處于不利地位。而農業(yè)產業(yè)化經營可以改變這種形勢。
